يشتمل المتحف على 25 قاعة للعرض

تقع فى المقدمة  قاعة أسس الحضارة الإسلامية  (.)

الجناح الأيمن من المتحف يشتمل على القاعات من 1- 13 وهى بالترتيب التاريخي للعصور الإسلامية

1-الأموي والعباسي.. 2-3-4 الفاطمي.. 5-6-7 الأيوبي.. 8-9-10 المملوكي.. 11-12-13 العثماني حتى أسرة محمد علي 

الجانب الأيسر من المتحف يشتمل على القاعات من 14- 25 وأسلوب العرض فيها يخص الفنون الإسلامية فى شرق العالم الإسلامي وموضوعات مختلفة

14- العملة والسلاح.. 15-16 فنون شرق العالم الإسلامي.. 17-18-19 الكتابات.. 20-21النسيج والسجاد.. 22 الحياة اليومية.. 23 المياة والحدائق.. 24 العلوم.. 25 الطب