تضم مكتبة متحف الفن الإسلامي مجموعة نادرة وقيمة من المصادر والمراجع المتخصصة في مجال التاريخ والآثار والفنون والعمارة الإسلامية تصل إلى حوالي ثلاثة عشر ألف كتابًا . وتقع المكتبة بالطابق الأول للمبنى الإداري بالمتحف، وقد قُسمت الكتب داخل المكتبة بحسب الموضوعات الفنية، هذا بالإضافة إلى مجموعة من الكتالوجات العلمية المتخصصة في الفنون والعمارة الإسلامية.